После остановки программы в режиме «Останов при расчете» и редактирования, если не закрепить уже размещенные часы подчеркиванием, то при продолжении расчета все ранее расставленные часы перелопачиваются как угодно программе, а не как было до остановки расчета.

При остановке программы вы получаете возможность лично расставить нерасписываемый час, за счет снятия некоторых ограничений, которые программа самостоятельно обойти не может. Вряд ли вас должно волновать расписание остальных часов, ведь они до этого расписывались с учетом всех наложенных вами ограничений и при продолжении расчета будут менять свое положение тоже с учетом тех же ограничений. Если для вас расположение некоторых часов принципиально важно, вы можете их закрепить и продолжить расчет.